Angulo inició la segunda parte cambiando el sistema, pasando de defensa de cinco a un 4-4-2, con Víctor Jr. actuando como segundo delantero. El Valencia Mestalla empezó a ganar profundidad con la entrada de Guilabert, y pronto generó alguna llegada. La ocasión más clara llegó tras un gran centro de Lucas Núñez, cuyo remate de Mario Domínguez se marchó por encima de la portería. El Mestalla había cambiado claramente respecto a la primera mitad.

Sin embargo, apenas un minuto después, Lucas Núñez realizó una entrada fuerte por detrás y el árbitro decidió expulsarlo con roja directa, en una acción muy dudosa, ya que no pareció excesivamente dura. Cuando el Mestalla parecía dar un paso adelante, la expulsión lo condicionó mucho, algo que Belletti supo leer, introduciendo cambios para buscar más profundidad por banda.

Mario Guilabert lo intentó con un disparo que buscaba a Kochen, pero el guardameta detuvo sin problemas. Aun así, el Mestalla no se arrugó y, pese a jugar con diez, no se vio un asedio claro del FC Barcelona, que también reclamó un posible penalti que el colegiado no señaló. En el minuto 75, tras una gran jugada de Guille Fernández, cuyo pase dejó a Joaquín en buena posición, pero el delantero estrelló su remate en el palo.

La falta de extremos obligó a Marcos Navarro a actuar como atacante abierto, junto a Rubi, formando un doble lateral para aguantar los últimos minutos. Sin embargo, en el minuto 84, Joaquín remató un centro desde la derecha y puso el 0-1 en el marcador. El Mestalla intentó reaccionar de inmediato, Guilabert buscó el empate, pero su disparo centrado lo atrapó Kochen sin dificultades.

El gol hizo daño al equipo, y poco después Sahé Kluivert rozó el 0-2 con un disparo que se marchó muy cerca del primer palo. Con balón, el Barcelona era muy superior, y en los minutos finales supo dormir el partido, imponiendo claramente su juego. Ya en el minuto 92, Joaquín le ganó la posición a Panach prácticamente desde el centro del campo y, tras una gran carrera, definió con una bonita vaselina para firmar su doblete y el 0-2 definitivo.