El centrocampista pasó de la cantera del Villareal al Mestalla en 2019 mediante una operación con la cual el equipo de Castellón se guardaba el 30% de una futura venta. Pero además de este porcentaje, existen también unas cuantías económicas basadas exclusivamente en el rendimiento del de Chilet.
Estas cantidades consisten en abonar 100.000€ al Villareal CF por cada 10 partidos oficiales disputados por Guerra. La operación es muy parecida a la que hicieron los dos clubs con Jaume Costa, en la cual el Villareal tuvo que pagar al VCF 2,6M€ por los 266 partidos que disputó el lateral izquierdo con la camiseta amarilla.
A día de hoy el Valencia CF ha pagado 200.000€, pues el chico ha jugado 26 partidos. Esta serie de condicionantes en la venta de Javi Guerra dejan ver que el traspaso no fue realmente libre, y que el Villareal tenía bien pensado sacar tajada de un jugador con proyección y que la temporada anterior se encargó, junto al entrenador y a sus compañeros del filial, de salvar al Valencia CF.